大学是遗传与环境的产物，学科与学院同样如此。历史地看，学院的出现与转型分化在前，学科的形成与渐成体系在后。也就是说，在特定的历史时期，学院设置并不以是否存在学科为前提，源自学科建设需要的说法更是无从谈起。即便是学科成为现代高等教育的重要基石与基础单元之后，学科建设的相关表述、内涵外延与目标使命，在不同体制传统与发展阶段国家、在不同层次与类型高校，也可能会存在较大差异，学院设置也未必源自学科建设需要。总体来看，学院设置的首要任务是服务于专门人才培养，即便没有学科一说，大学也会自然演化或人为分割出若干个院部，以承担某个专业领域乃至某些特定学生的教育教学任务。
然而，学院设置不可避免地受到大学职能演进与学科系统分化的深刻影响。学院作为人才培养的基本单位，也不可避免地会转变成为一个多功能的平台，甚至其自身的组织形态、结构与使命也会发生显著变化。而且，相对于较为多样化和颇多变动性的学院设置状况，学科似乎是更能体现大学属性与更加贴近学术使命的硬核所在。如今再考察世界各国大学的组织架构，遵循学科逻辑已然成为学院设置的基本共识，尤其是在学科建设被附加较多资源、规制、事项与期待的中国语境中，适应学科建设需要来考虑学院设置，更是绝大多数高水平大学的普遍选择。
若不考虑历史传承因素，试问大学内部可否取消学院建制？或者大学根本就不设系所院部，而是直接面向学科办学，可否？在新中国成立初期，学院建制曾被废除，只留下系科来支撑大学运行。民国时期，亦有蔡元培在北京大学废科设系的先例，德国与法国也有过取消大学学部建制的历史。在学术研究界，主张“学校—学科”架构的也有之。故此，确有必要把学院建制对学科建设的价值说清楚。
历史地看，兴盛于19世纪欧洲大陆的“学部—讲座”架构及相关制度安排，对学科分化与现代学科体系的形成功不可没。如此判定的依据是，相对松散的学部组织与个人独断的讲座制度，较为有利于新学科的诞生与发展。在美国20世纪早期基本定型的现代学系制度与“学院—学系”架构，有助于缓解学者与学科之间相互竞争的压力，为学科分化与融合发展提供了较好的庇护，为整合或协调学科资源以应对各种外部诉求敞开了较大的空间。所以，当今世界各国大学处理学院建制与学科发展的关系，效仿美国的居多是有一定道理的。说到底，现代大学之所以要有院系之类的平台组织，既是为了适应和保护学科分化的内生动力，又是为了规范和拓展学科之间的多种组合或结构化方式，有利于整合学科资源以应对复杂多变的社会需求。
讨论学院建制对学科建设的价值，在我国有其特殊性。一是因为受前期高度专门化的人才培养模式以及“学校—学系”两级组织架构的影响，各大学普遍设立的学院，在功能定位、学科跨度与职责权限等方面存在较多中国特色，大学主要依托学院来分解学科建设责任，也通过学院来配置和聚集学科资源；二是因为受国家重点建设项目、学位点授权审核政策与学科评估方案等因素的影响，学科建设的边界与事项也处在变化调整之中，并日趋接近各大学多数学院发展的边界与事项。一个基本事实是，各大学较有水平与影响的学科多有相对独立的学院建制来支撑，那些边缘化的学科，无论是否相近相关，则很有可能羁押在某个学院之中。可以说，我国大学的学院建制之于学科建设，既是平台与舞台，也是资质与资源。做大做强学科的首要任务，就是谋求相对独立的学院建制。没有地位较为匹配、边界较为一致的学院建制作为依托，学科建设将如同无源无本之水木。
一般而言，学科建设需要学院建制，学院建制利于学科建设。问题是，学科建设不等于一级学科建设，其边界甚至还会延伸至学科门类之外。如果说，学科建设以往是较为注重知识分类逻辑以及与之相适应的学科规训传统，当前则特别强调社会需求导向以及与之相适应的学科集群思维。学科跨度较大的学院建制，或许可以应对相关相近学科之间的交叉融合与协同创新需求，但对于远缘学科、多个学科之间的协作任务来说，任何样态或结构的学院建制均无能为力。
究其根源，学院建制既是一种分工技术，也是一种利益机制。学科建设目标、边界与事项在不断发生变化的情形下，原先的分工基础与依据就有可能不合时宜，某些学院建制甚至因此失去继续存在的合理性。但是，学院建制作为一种利益机制，不仅有自己的地盘需要经营，还有自己的师生员工需要庇护。一旦学院建制获批并开始实际运行，之前与争取学院建制有关的那些理由便不再具有特别重要的价值，置于首位的无疑是各个学院的切身利益。因此，学院建制对于学科建设来说，也是一把双刃剑。只要有学院建制，就会有学院的特殊利益以及学院之间的各种壁垒。无论是多个学院联合共建某个学科，还是多个学院依托各自的学科力量协同应对某些重大社会需求，各种显性的、无形的冲突必然掺杂其中。如果学科在某个国家还是项目资助、学位授权、绩效评估与资源配置的基本单元，学院建制则更容易固化某种特定的利益格局，推进学科集群建设、学科交叉融合与协同创新的难度也更大。
综上，学院设置与学科建设之间既相生相依，也颇多间隙。比较而言，学院设置与学科建设之间的矛盾是主要的，也是普遍和永久性的。也正因为如此，学院设置的问题既不可能一劳永逸地予以解决，也不可能在世界各国不同类型与层次的高校推行一套标准化的学院设置方案。此外，学科建设也不可能完全依赖学院建制，在学院建制体系之外设置研究中心或基地，聚焦重大社会需求与战略，灵活整合有关学科的力量与资源，组织开展专项研究或培养跨学科人才，这在世界各国大学也是较为通行的做法。
尽管如此，各个国家的大学在不同的发展阶段与环境中，仍有着优化学院设置以促进学科建设的需要。原则上讲，优化学院设置有四个方面的问题需要注意：一是要有较宽的学科跨度，以保证学院内部有较充分的学科互动空间；二是要有适当的办学权限，以保证学院层级有较充分的条件来谋划和统筹学科建设事项；三是要有相应的系所支撑，以利于细化学科建设责任和学科向纵深方向发展；四是要有相对开放的学院边界，以利于向外做大做实学科建设格局和对外互惠使用学科建设资源。必须强调的是，既不能将学科建设任务完全分解至学院，也不能强求学院设置调整亦步亦趋于学科建设需要，学院设置相对稳定尤为重要。
具体到我们国家的学院设置调整，首先是要正视学院设置与学科建设之间的关系，将学科的边界与学科建设需要作为学院设置调整的主要依据，而不是基于管理上的便利，简单地按照学科数量多少、体量多大以及是否具有某个能量级的重点学科或关键人物，来决定学院的分化整合或撤并转设；其次是要以解决学院设置的学科跨度问题为抓手，推进学院设置的系统优化。各高校的大多数学院只以某个一级学科作为自己的地盘，这种状况得不到改变，不仅是跨学科、多学科协作的事业会受到影响，学院的职责权限能否落实落细，也会因此而具有较多的不确定性；再次是我国高校较长时间以来坚持的“三级建制、两级管理”做法，也要从学院设置与学科建设关系的视角加以深刻反思。“建制”与“管理”分离是否可能、有无必要以及有何弊端等问题，需要有个明确的说法。学院与下设学系的关系处理不好，相关冲突与矛盾还是会反映到学院设置的问题上来，学科建设也难免受到这样或那样的影响。
